本部門は、山岳科学センターに設置されている３領域（山理解領域、山活用領域、山管理領域）における領域間の連携を促進すること、また産官学の連携の積極的な促進や国内外の共同研究を戦略的に構築することで、山岳科学分野の発展を目指して活動をおこなっている。令和7年度はメール審議を含めて6回のイニシアティブ会議を開催し、山岳科学センターの重要な案件である以下の3件について議論を行なった。
以下の2課題の重点課題に支援を行なった。（1）流域内の多様な立地における土砂管理に向けた土砂動態のプロセス解明（代表：山川陽佑、配分額47万円）（2）山岳県・長野県における野生動物管理のための研究基盤整備（代表：津田吉晃、配分額38万円）（3）その他、個別研究課題として6課題について10〜17万円の支援を行うこととした。
山岳科学センターの活動に共感した一般市民の方から寄附金をいただき、この使途に関して検討した結果、「MSC研究助成」を構築し、若手研究者の研究について毎年2件程度支援することにした。以下の2課題に支援を行なった。網翅類の比較発生学（藤田麻里、配分額45万円）、浅間山植生の分布と遷移およびその要因（増本 翔太、配分額45万円）。
「総合科学としての山岳研究への探求」と題したシンポジウムを開催することを決定した。