MSCの教育活動の軸となる「教育関係共同利用拠点事業」および「山岳科学学位プログラム」は、新型コロナウィルス感染拡大の影響により大きな制約を余儀なくされた。前者においては、事業の主要部分である全国公開実習のほとんどが開講中止となった。また、後者においても特に実習の中止や実施形態を当初計画から変更して行った。このような制約の中、感染症予防措置やオンライン化をはじめとするMSC構成員の様々な工夫や連携により、各教育プログラムの提供に取り組んだ。特に、下記2つの「教育推進プロジェクト支援事業」によって、全4フィールドステーションにおける、感染症予防を含めた施設設備・学習環境の改善、また、将来を見据えた学修コンテンツの拡充に取り組んだ。
山岳科学学位プログラムは、筑波大学・信州大学・静岡大学・山梨大学の４大学が連携する大学院（博士前期課程）として2017年4 月に開設された。2020年度は下記の通りの構成教員が教育に携わり、科目が開設された。本プログラムの詳細は下記のweb サイトにて公開されている。
https://mountain-studies.tsukuba.ac.jp/
本事業は、マンパワー不足や新型コロナ感染症問題によってMSCフィールドステーションとしての機能を十分に発揮しきれていない状況を改善するため、全4ステーションにおいて、自己学修ワークシートの開発およびそのコンテンツ整備を行うものである。昨年度に引き続き、自然観察テキスト・ワークシート・図鑑などの作成、標本整備、動画コンテンツ整備などを行った。
山岳科学センターの遠隔地フィールドは、本学だけでなく、文部科学省教育関係共同利用拠点事業「ナチュラルヒストリーに根ざした山岳科学教育拠点」を通じて、全国および世界の大学生、大学院生のフィールド科学教育に重要な役割を果たしている。本支援事業により、当センターのフィールド科学教育活動の運営面を強化し、教育内容と感染症対策を含めた環境の改善をはかることにより、教育内容の魅力度アップと国際的な集客力の向上につなげる。またこれにより、教育関係共同利用拠点事業で掲げた教育内容の広範化、高度化、グローバル化の実現もさらに加速する。